Esta plaza se creó en el siglo XVII y se le otorgó el nombre del Convento de La Merced, el cual no existe actualmente, pero en su momento daba a la plaza.
En el año 1878 se le realizaron numerosas modificaciones de la mano del ingeniero D. Eugenio de la Garaganza. Las remodelaciones se idearon teniendo en cuenta las particularidades climáticas de la región para la elección de las especies botánicas que adornarían a la Plaza de la Merced.
En 1901 comenzó a construirse en la Plaza de la Merced el Palacio Aguirre, construido por Victor Beltrí con una arquitectura modernista. Originalmente se ideó como vivienda particular del minero, pero hoy en día, tras su última remodelación, se conectó internamente al edificio colindante y es sede del MURAM (Museo Regional de Arte Moderno).
En el año 1926 se añadió a la plaza la escultura en memoria del militar cartagenero Comandante Villamartín, icono del pensamiento histórico militar.
Cabe mencionar que en la antigüedad, en esta zona se encontraba una calzada de ingreso a la ciudad en época augústea, un probablemente ninfeo monumental y restos de una vivienda púnica.
Actualmente es un espacio verde de esparcimiento y recreación donde se puede disfrutar paseos rodeados de una hermosa y variada colección de especies vegetales.
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